Орфографический словарь Лопатина НИИ НИИ... - часть сложносокращенных слов, пишется слитно, напр.: НИИнефтега́з, НИИхимпро́м, НИИтеплоприбо́р, ГипроНИИполигра́ф, ГипродорНИИ́